Největším mezinárodním letištěm v Estonsku je letiště v Tallinnu Lennart Meri Tallinn Airport (kód IATA: TLL) někdy se používá název Ülemiste Airport. Letiště Lennart Meri Tallinn Airport je největším estonským letištěm a po letištích v lotyšské Rize a v litevském Vilniusu je třetím největším letištěm v Pobaltí co do počtu přepravených osob. Za rok 2018 toto letiště přepravilo přes tři milióny cestujících. Dalšími většími letišti v Estonsku jsou Tartu Airport (TAY), Pärnu Airport (EPU) a Kuressaare Airport (URE), jenž leží na ostrově Saaremaa. Z těchto letišť má mezinárodní spojení jen letiště v Tartu, a to s finskými Helsinkami.